BioXM是一款专业的生物信息学分析软件平台，由农业生物技术领域知名机构开发。该软件整合了基因组学、转录组学和表型组学等多组学数据分析功能，提供从原始数据到生物学解释的一站式解决方案。BioXM具备强大的序列分析、基因注释、变异检测和分子标记开发能力，其可视化分析模块支持基因组浏览器、热图、通路分析等多种数据展示方式。软件采用模块化设计，既包含标准分析流程，也支持用户自定义分析方案，特别适合农作物基因组研究和分子育种应用。

基本亮点

全中文界面

软件界面、操作提示和帮助文档均为中文，便于中国用户操作和理解，降低学习成本。

资源链接整合

收藏夹中整合了多个常用的基因或蛋白分析网址，如多序列比较和进化树分析工具，方便用户查找和利用额外的在线资源。

教育与研究适用

不仅适合专业研究人员，对于学生学习生物信息学基础也非常有帮助，能够辅助理解 DNA 与蛋白质的基础分析方法。

实用小工具

氨基酸序列转化：支持单字母序列与三字母序列的相互转换。

久坐提醒功能：贴心设计，提醒用户适时休息。

功能介绍

基础序列分析

ORF 查找：快速定位开放阅读框，辅助基因预测。

序列格式化：支持序列间隔排列、氨基酸序列显示等，满足不同分析需求。

序列翻译：将 DNA 序列转化为氨基酸序列，支持蛋白质分子量和等电点计算。

批量文件处理：支持序列格式文件的批量转换，如 FASTA 或 DNAstar 格式，提高数据处理效率。

酶切分析

限制酶酶切位点分析：帮助用户设计实验并预测 DNA 片段的切割情况，规避设计引物时的酶切位点冲突。

酶切位点查询：提供常见酶切位点的快速查询功能。

引物设计

引物辅助设计工具：支持 5’ 端和 3’ 端引物设计，可自定义引物长度、GC 含量等参数。

引物浓度计算与 TM 值计算：输入引物序列后，自动计算引物的 TM 值、GC 含量、分子量及加水量，辅助实验设计。

多序列比对

集成 ClustalW 工具：支持 DNA 和蛋白质序列的多序列比对，分析序列间的相似性和差异。

比对结果可视化：比对成功的序列下方出现 * 号，未比对上的序列出现 - 号，便于结果解读。

其他高级工具

自动去载体序列工具：快速去除序列中的载体部分，简化数据预处理。

SSR 位点快速搜索：辅助微卫星标记开发。

专利格式氨基酸格式转换工具：满足特殊格式需求。

软件特色

操作简便：用户普遍认为 BioXM 界面简洁，操作流程清晰明了，即便是生物信息学初学者也能快速掌握。

功能全面：软件涵盖了从基础序列分析到高级生物信息学处理的全方位功能，满足不同层次的研究需求。

高效实用：批量文件处理和多序列比对功能显著提升了数据处理效率，适合大型项目。

免费开源：BioXM 完全免费，降低了科研成本，受到广泛好评。

使用方法

      1、Bioxm最新版点击新建，可以创建一个新的分析方案，你也可以将已经分析完成的项目打印输出

      2、编辑：这里可以选择分析界面需要执行的项目数据，可以全部选择、可以进行序列统计、可以更改序列窗口标签

      3、系列分析，输出序列分析报告、序列格式化、酶切位点分析、蛋白质分子量和电点计算、DNA序列统计、OPF分析

      4、引物分析，您可以在这里复制需要分析的序列，点击下方的计算就可以了

      5、批量格式转换，您可以使用转换工具将自己分析的化学数据全部转换出来，支持.sepFASTA等格式转换

      6、国内生物学相关影响因子查询，在这里选择查询的年份，输入刊物的名称即可

      7、查询影响因子：大多数是缩写 如 Mol, Cell, Plant, biol, Chin, J, 等等

      8、收藏夹设置，这里提供实验方法、基因结构分析、蛋白质结构分析、酶切分析、启动子预测、转录因子结合位点预测

常见问题

      问：Bioxm最新版输入DNA序列BioXM似乎不能正确识别?

      答：这是因为BioXM默认打开的是氨基酸序列，您可以在菜单中选择“序列整理”命令。

      问：BioXM序列窗口中的序列容易混淆，怎么办?

      答：鼠标双击序列窗口可以更改序列标签名，使您不会混淆各窗口。

      问：在BioXM中每次输入DNA序列总是保留其他非法序列怎么办?

      答：您可以在选项中打开强制识别序列为DNA，这样就会祛除其他非法序列。但是如果您要打开氨基酸序列，必须关闭此项目。

更新日志

      1.Bioxm最新版 增添了影响因子查询功能, 应该比较适用,比上网查找快多了吧.

      2. 提供了选项设置卡, 用户可以自由进行设置序列是否自动格式化, 可减少格式化时间.

      3. 在菜单中加入了几个图标, 以美化窗体, 但效果不是很理想,没有找到合适的图片.

      4. 修正了在98/2000系统下酶切位点显示重叠的错误.